Считается, что обитель возникла в конце XII или начале XIII века и была основана греческими монахами-миссионерами, которые принесли с собой чудотворную икону апостола Иоанна, написанную в VI столетии в Византии мальчиком-сиротой. Образ этот стал главной святыней Богословского монастыря. В. В. Зверинский приводит информацию о том, что монастырь существовал уже в 1237 году, и к этому времени в нем уже находился подаренный рязанским князем чудотворный образ Иоанна Богослова из Константинополя, согласно легенде, защитивший монастырь от разграбления Батыем. В XVI — первой половине XVII века монастырь неоднократно разорялся крымскими татарами, но неизменно возрождался (источники упоминают, в частности, разорения 1534 и 1572 годов). Вплоть до середины XVII века все постройки в монастыре были деревянными. Возрождение монастыря связано с именем Давида Ивановича Хлудова — потомственного почётного гражданина, купца первой гильдии. В 1860 году неподалёку от обители он приобретает загородное имение. Иоанно-Богословский собор полностью реконструируется и в нём устраивается новый иконостас. Иконы для него пишет известный рязанский художник-изограф Николай Васильевич Шумов. Настоятелем обители 22 марта 1865 года назначается иеромонах Виталий (Виноградов). На его средства восстановлены соборы монастыря: Иоанно-Богословский и Успенский, отремонтирована ограда, построена новая 80-метровая колокольня (1901 года), по проекту архитектора И. С. Цеханского). В 1930 году насельники монастыря во главе с престарелым настоятелем архимандритом Зосимой (Мусатовым) были арестованы и осуждены к различным срокам ссылки в Казахстан. Сам монастырь был закрыт и упразднён. Накануне закрытия из обители исчез древний чудотворный образ апостола Иоанна Богослова и с того времени местонахождение иконы неизвестно. На территории монастыря находились сначала детская колония, затем склады МВД. В 1988 году Иоанно-Богословский монастырь был возвращён церкви. С того времени началось восстановление разрушенной обители.