На строительство прочной каменной стены, заменившей первоначальную деревянную ограду, ушло 4 года. Она возводилась с 1690 по 1694 годы согласно правилам крепостного зодчества. Результатом работ, руководимых архитектором Бухвостовым, стало масштабное ограждение со следующими характеристиками: высота – около 9 м; толщина – 3 м; общая протяженность – 920 м. Примечательно, что углы и изломы ограды не пустовали – их неприглядность скрасили семь однотипных башен. На подворье башни имелась и восьмая башня – Елизаветинская. Высокая конструкция просто украшала западные ворота. Интересно, что все ярусные башни, принадлежащие Новоиерусалимскому комплексу, не играют никакой защитной роли. Они хоть и являются обычным элементом русских оград, но выполняют не оборонительную, а скорее художественную функцию. Их конструкции с круглыми пристройками для винтовых лестниц подобны ротонде и шатру на верхушке Воскресенского собора. 3-пролетная арка Святых ворот увенчана церковью Входа Господня в Иерусалим. Ритуал ее освящения проводился в 1697 году. Елизаветинская надвратная башня, частично перестроенная в царствование императрицы Елизаветы Петровны и названной в ее честь. 33 ступени ведут в монастырь.